Film omawia algorytm naiwny wyszukiwania wzorca w tekście i prezentuje podstawowe operacje na napisach, m.in. konkatenację napisów, wyznaczanie długości napisu, analizowanie napisu znak po znaku.
Film prezentuje ćwiczenia polegające na analizie napisów i wymagające zliczenia ciągów znaków, zmiany struktury ciągu znaków oraz wyznaczenia sekwencji błędów.
DNA © ShadeDesign/Shutterstock.com
Infografika pokazuje, czym jest algorytm, na prostym przykładzie z życia codziennego.
Jeśli trzeba przeanalizować napis znak po znaku, najlepiej zrobić to za pomocą pętli for. Wartość początkowa zmiennej będącej wynikiem powinna być tzw. pustym napisem. Wynikiem zdefiniowanej poniżej funkcji papuga(napis) jest napis z podwojoną każdą literą. Zmodyfikuj kod tak, aby po uruchomieniu skryptu otrzymać napis z potrojoną każdą literą.
Zdefiniuj funkcję ile(s), której parametrem jest ciąg znaków, a wynikiem – lista czterech liczb całkowitych oznaczających, ile razy symbole A, C, G i T występują w tym ciągu znaków. Sprawdź działanie funkcji dla podanych poniżej parametrów.
ile("CAATAAAAA") jest lista [7, 1, 0, 1].ile("TCTAAAGATATCGGG") jest lista [5, 2, 4, 4].a) Wykorzystaj pętlę for i instrukcję warunkową.
b) Zastosuj operacje na napisach.
Zdefiniuj funkcję pary(s), której parametrem jest łańcuch DNA, a wynikiem – liczba wystąpień par jednakowych symboli (np. TTAT – 1, TTTA – 2, TATA – 0). Sprawdź działanie funkcji dla podanych poniżej parametrów.
pary("TGATTCTGAACAAGTGTT") jest 4.pary("TGATATTCGATGTGAAAAAGTCATACTGTT") jest 6.Odwrotne uzupełnienie łańcucha DNA to ciąg utworzony przez odwrócenie danego ciągu i dopełnienie każdego symbolu, tj. zamiany A na T i odwrotnie oraz C na G i odwrotnie (np. CTGA → AGTC → TCAG). Zdefiniuj funkcję oduz(s), której parametrem jest łańcuch DNA, a wynikiem jego odwrotne uzupełnienie. Sprawdź działanie funkcji dla podanych poniżej parametrów.
oduz("TGACCCA") jest TGGGTCA.oduz("TGATATTCGATGTGAAAAA") jest TTTTTCACATCGAATATCA.Zdefiniuj funkcję ta(s), której parametrem jest łańcuch DNA, a wynikiem – łańcuch DNA z gwiazdką (*) w miejscu symboli C, G i T. Sprawdź działanie funkcji dla podanych poniżej parametrów.
ta("TGACCCA") jest **A***A.ta("TGATATTCGATGTGAAAAA") jest **A*A****A****AAAAA.Zdefiniuj funkcję codruga(napis), której wynikiem jest napis z pominiętym co drugim znakiem. Sprawdź działanie funkcji dla podanych poniżej parametrów.
codruga("aksamitka") jest asmta.codruga("chaber") jest cae.Zdefiniuj funkcję wspak(napis), której wynikiem jest napis ze znakami przestawionymi od końca do początku. Rozwiązanie zapisz za pomocą pętli. Sprawdź działanie funkcji dla podanych poniżej parametrów.
wspak("aloes") jest seola.wspak("dalia") jest ailad.Zdefiniuj funkcję lustro(napis), której wynikiem jest napis z połączonym napisem wspak. Sprawdź działanie funkcji dla podanych poniżej parametrów.
lustro("aster") jest asterretsa.lustro("peonia") jest peoniaainoep.Zdefiniuj funkcję przeplot(napis), której wynikiem jest napis powstały z oryginalnego napisu poprzez dostawienie po każdej literze znaku z danego napisu, ale od końca. Sprawdź działanie funkcji dla podanych poniżej parametrów.
przeplot("azalia") jest aaziallaizaa.przeplot("mniszek") jest mkneizsszienkm.Odległość Hamminga między dwoma łańcuchami DNA oznacza liczbę symboli, którymi różnią się oba łańcuchy. Odległość Hamminga między łańcuchami s i t o tej samej długości wynosi 8. Niepasujące symbole są zaznaczone kolorem:
s – CAGGCTACTACCGGTAT,t – CATCGTAATGCAGGGCT.Zdefiniuj funkcję hamming(s, t), gdzie s i t to łańcuchy o tej samej długości. Wynik funkcji to liczba będąca odległością Hamminga między danymi łańcuchami. Sprawdź działanie funkcji dla podanych poniżej parametrów.
hamming("CAGGTT", "CAGGTT") jest 0.hamming("CAGGCTACTACCGGTAT", "CATCGTAATGCAGGGCT") jest 8.w = "kaktus" w wyniku działania polecenia print(w[-1])? w = "wiaderko" w wyniku działania polecenia print(len(w))?w = "laseczek"? for z in w:
print(z)